fa بررسی اثر دما بر وابستگی اتصال رمدسیویر به آنزیم RdRp ویروس سارس-کووید-2 با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت شده کووید 19 COVID-19 پژوهشي Research paper <div style="text-align: justify;">ویروس مرگ بار سارس-کووید-2 اولین بار اواخر سال 2019، در چین پدیدار شده ‌‌است. این ویروس توالی مشابهی با ویروس سارس- کووید در سال 2002 داشته، با این تفاوت که سرعت انتقال آن بسیار زیاد می‌‌باشد. از طرفی سارس- کووید-2، یک RNA ویروس بوده و برای رونویسی ژنوم ویروسی خود نیازمند آنزیم RdRp است. به سبب در دسترس بودن محل فعال این آنزیم، هدف قرار دادن آن برای مهار تکثیر سارس- کووید-2 یک روش درمانی موثر محسوب میشود. رمدسیویر یک مهارکننده‌ی ویروس هپاتیت C و ابولا و مورد تایید سازمان غذا و دارو، نتایج مثبتی را در مهار پروتئاز اصلی و RdRp سارس-کووید-2 نشان داده است. هدف از بررسی حاضر مشاهده عملکرد رمدسیویر برای مهار RdRp در دماهای متفاوت با روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت شده، می‌باشد. بدین منظور رمدسیویر و RdRp پس از اتصال با داکینگ مولکولی در چهار دمای متفاوت (از17 تا 47 درجه سانتی‌گراد) مورد ارزیابی قرار گرفتند. با توجه به نتایج بدست آمده، نیروی گسیختگی و کار کشیدگی برای جدا شدن رمدسیویر از RdRp، با افزایش دما، کاهش می یابند. همچنین در دماهای بالاتر، انرژی آزاد گیبس به سبب ارتباط با کار کشیدگی کاهش می‌یابد.</div> <div style="text-align: justify;">The fatal SARS-COV-2 virus appeared in China at the end of 2019 for the first time. This virus has similar sequence with SARS-COV in 2002, but its infection is very high rate. On the other hand, SARS-COV-2 is a RNA virus and requires RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) to transcribe its viral genome. Due to the availability of the active site of this enzyme, an effective treatment is targeting it to inhibit SARS-COV-2 reproduction. Remdesivir is an inhibitor for Hepatitis C and Ebola that is approved by Food and Drug Administration. Also, it has shown good results in inhibition of main protease and RdRp enzyme of SARS-COV-2. In this paper, the inhibitory of Remdesivir in various temperatures has been observed using steered molecular dynamics simulation. For this reason, the binding affinity of Remdesivir and RdRp were evaluated by molecular docking at four different temperatures (from 17 to 47 &deg;C). According to the results, the rupture force and pulling work to separate the Remdesivir from RdRp decrease with increasing temperature. It is also shown that at higher temperatures, Gibbs free energy is reduced due to its relation with pulling work.</div> سارس- کووید-2, آنزیم پلیمراز RNA وابسته به RNA, داکینگ مولکولی, شبیه‌سازی دینامیک مولکولی هدایت شده, رمدسیویر SARS-COV-2, RNA-dependent RNA polymerase, Molecular Docking, Steered Molecular Dynamics Simulation, Remdesivir 39 47 http://joc.kntu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1288-1&slc_lang=fa&sid=1 Mohadese Abidi محدثه عبیدی m.90abidi@yahoo.com 10031947532846007835 10031947532846007835 No Hakim Sabzevari University دانشگاه حکیم سبزواری Reza Soheilifard رضا سهیلی فرد r.soheilifard@hsu.ac.ir 10031947532846007836 10031947532846007836 Yes Hakim Sabzevari University دانشگاه حکیم سبزواری Reza Hasanzadeh Ghasemi رضا حسن زاده قاسمی r.hasanzadeh@hsu.ac.ir 10031947532846007837 10031947532846007837 No Hakim Sabzevari University دانشگاه حکیم سبزواری